※ OPT domain introduction

    In some cells, PTF is concentrated in one, or very few, discrete regions (diameter approximately 1.3 micron) that appear during G1 phase and disappear in S phase. Oct1, a transcription factor that interacts with PTF, is also enriched in these domains, RNA polymerase II, TBP and Sp1 are also present. Each domain typically contains 2 or 3 transcription 'factories' where Br-UTP is incorporated into nascent transcripts. This region was named Oct1/PTF/transcription (OPT) domain. The domains may act like nucleoli to bring particular genes on specific chromosomes together to a region where the appropriate transcription and processing factors are concentrated, thereby facilitating the expression of those genes (1). In fact, incomplete DNA synthesis during S phase leads to a DNA damage response and formation of 53BP1-OPT domains in the subsequent G1, which indicates that replication stress induces 53BP1-containing OPT domains in G1 cells (2).

Reference
1. Pombo, A., Cuello, P., Schul, W., Yoon, J. B., Roeder, R. G., Cook, P. R., & Murphy, S. (1998) Regional and temporal specialization in the nucleus: a transcriptionally-active nuclear domain rich in PTF, Oct1 and PIKA antigens associates with specific chromosomes early in the cell cycle. EMBO J, 17(6), 1768-1778. PMID: 9501098
2. Harrigan, J. A., Belotserkovskaya, R., Coates, J., Dimitrova, D. S., Polo, S. E., Bradshaw, C. R., et al. (2011) Replication stress induces 53BP1-containing OPT domains in G1 cells. J Cell Biol, 193(1), 97-108. PMID: 21444690


OPT domain  in eukaryotes (Total number, Predicted number):

  Absidia glauca (3, 3)   Ailuropoda melanoleuca (5, 5)   Amborella trichopoda (2, 2)
  Anas platyrhynchos (5, 5)   Anolis carolinensis (6, 6)   Aotus nancymaae (6, 6)
  Arabidopsis lyrata (3, 3)   Arabidopsis thaliana (3, 3)   Ashbya gossypii (2, 2)
  Aspergillus clavatus (1, 1)   Aspergillus flavus (1, 1)   Aspergillus fumigatus (1, 1)
  Aspergillus nidulans (1, 1)   Aspergillus niger (1, 1)   Aspergillus oryzae (1, 1)
  Aspergillus terreus (1, 1)   Astyanax mexicanus (6, 6)   Beauveria bassiana (1, 1)
  Blumeria graminis (1, 1)   Bos taurus (6, 6)   Brachypodium distachyon (3, 3)
  Brassica napus (3, 3)   Brassica oleracea (3, 3)   Brassica rapa (3, 3)
  Caenorhabditis elegans (3, 3)   Callithrix jacchus (7, 7)   Canis familiaris (7, 7)
  Carlito syrichta (6, 6)   Cavia porcellus (6, 6)   Cercocebus atys (6, 6)
  Chlamydomonas reinhardtii (2, 2)   Chlorocebus sabaeus (6, 6)   Chondrus crispus (1, 1)
  Ciona intestinalis (4, 4)   Ciona savignyi (3, 3)   Colletotrichum gloeosporioides (1, 1)
  Colletotrichum graminicola (1, 1)   Colletotrichum orbiculare (1, 1)   Corchorus capsularis (3, 3)
  Cryptococcus neoformans (1, 1)   Cucumis sativus (3, 3)   Cyanidioschyzon merolae (1, 1)
  Danio rerio (7, 7)   Daucus carota (3, 3)   Dipodomys ordii (6, 6)
  Dothistroma septosporum (1, 1)   Drosophila melanogaster (4, 4)   Equus caballus (7, 7)
  Felis catus (7, 7)   Ficedula albicollis (5, 5)   Fukomys damarensis (6, 6)
  Fusarium oxysporum (1, 1)   Fusarium solani (1, 1)   Fusarium verticillioides (1, 1)
  Gaeumannomyces graminis (1, 1)   Galdieria sulphuraria (1, 1)   Gallus gallus (5, 5)
  Gasterosteus aculeatus (4, 4)   Glycine max (3, 3)   Gorilla gorilla (6, 6)
  Gossypium raimondii (3, 3)   Helianthus annuus (3, 3)   Homo sapiens (7, 0)
  Hordeum vulgare (3, 3)   Ictalurus punctatus (6, 6)   Ictidomys tridecemlineatus (6, 6)
  Komagataella pastoris (1, 1)   Latimeria chalumnae (5, 5)   Leersia perrieri (3, 3)
  Lepisosteus oculatus (6, 6)   Leptosphaeria maculans (1, 1)   Loxodonta africana (7, 7)
  Macaca fascicularis (7, 7)   Macaca mulatta (7, 7)   Macaca nemestrina (7, 7)
  Magnaporthe oryzae (1, 1)   Magnaporthe poae (1, 1)   Mandrillus leucophaeus (7, 7)
  Manihot esculenta (3, 3)   Medicago truncatula (3, 3)   Melampsora laricipopulina (2, 2)
  Meleagris gallopavo (4, 4)   Mesocricetus auratus (5, 5)   Microbotryum violaceum (3, 3)
  Monodelphis domestica (6, 6)   Musa acuminata (3, 3)   Mustela putorius furo (6, 6)
  Mus musculus (6, 6)   Myotis lucifugus (6, 6)   Neosartorya fischeri (1, 1)
  Neurospora crassa (1, 1)   Nicotiana attenuata (2, 2)   Nomascus leucogenys (6, 6)
  Oreochromis niloticus (6, 6)   Ornithorhynchus anatinus (5, 5)   Oryctolagus cuniculus (5, 5)
  Oryza barthii (3, 3)   Oryza brachyantha (3, 3)   Oryza glaberrima (3, 3)
  Oryza glumaepatula (3, 3)   Oryza indica (3, 3)   Oryza meridionalis (3, 3)
  Oryza nivara (3, 3)   Oryza punctata (3, 3)   Oryza rufipogon (3, 3)
  Oryza sativa (2, 2)   Oryzias latipes (6, 6)   Ostreococcus lucimarinus (2, 2)
  Otolemur garnettii (7, 7)   Ovis aries (6, 6)   Pan paniscus (6, 6)
  Pan troglodytes (7, 7)   Papio anubis (7, 7)   Pelodiscus sinensis (5, 5)
  Phaeosphaeria nodorum (1, 1)   Phaseolus vulgaris (3, 3)   Physcomitrella patens (3, 3)
  Poecilia formosa (6, 6)   Pongo abelii (7, 7)   Populus trichocarpa (3, 3)
  Prunus persica (3, 3)   Puccinia triticina (1, 1)   Pyrenophora teres (1, 1)
  Pyrenophora triticirepentis (1, 1)   Rattus norvegicus (6, 6)   Rhinopithecus bieti (7, 7)
  Saccharomyces cerevisiae (2, 2)   Sarcophilus harrisii (4, 4)   Schizosaccharomyces cryophilus (1, 1)
  Schizosaccharomyces japonicus (1, 1)   Schizosaccharomyces pombe (1, 1)   Scleropages formosus (6, 6)
  Scophthalmus maximus (7, 7)   Selaginella moellendorffii (3, 3)   Setaria italica (3, 3)
  Solanum lycopersicum (2, 2)   Solanum tuberosum (2, 2)   Sorghum bicolor (2, 2)
  Sporisorium reilianum (1, 1)   Sus scrofa (5, 5)   Taeniopygia guttata (4, 4)
  Takifugu rubripes (6, 6)   Tetraodon nigroviridis (4, 4)   Theobroma cacao (3, 3)
  Trichoderma reesei (1, 1)   Trichoderma virens (1, 1)   Triticum aestivum (3, 3)
  Triticum urartu (3, 3)   Tuber melanosporum (1, 1)   Tursiops truncatus (3, 3)
  Ursus maritimus (7, 7)   Ustilago maydis (1, 1)   Verticillium dahliae (1, 1)
  Vigna angularis (3, 3)   Vigna radiata (2, 2)   Vitis vinifera (2, 2)
  Xenopus tropicalis (5, 5)   Xiphophorus maculatus (5, 5)   Yarrowia lipolytica (1, 1)
  Zea mays (2, 2)   Zymoseptoria tritici (1, 1)